Metagenomica Applicata

Evoluzione da Unit Microbiota a Unit Metagenomica Applicata

L’esperienza maturata all’interno della Unit Disease “Microbiota”, istituita presso l’Azienda Ospedaliera di Alessandria nel 2019 ha rappresentato un importante punto di partenza per la promozione della ricerca clinica e traslazionale nel campo del microbiota intestinale, con particolare attenzione al trapianto di microbiota fecale (FMT) e al suo utilizzo in contesti clinici innovativi.

Alla luce degli sviluppi scientifici, delle nuove tecnologie disponibili e dell’ampliamento delle collaborazioni multidisciplinari, la Unit evolve ora nella Unit Metagenomica Applicata, con l’obiettivo di estendere il campo di indagine e applicazione a tutto il comparto del microbioma e del metagenoma umano, con una visione sempre più integrata tra ricerca, diagnostica avanzata. La metagenomica è la disciplina che studia il materiale genetico complessivo di comunità microbiche direttamente da campioni biologici, permettendo di analizzare la composizione e la funzione del microbioma senza la necessità di coltivare i microrganismi in laboratorio.

"Missione e Attività della Unit Metagenomica Applicata"

La nuova Unit è il punto di riferimento per lo sviluppo di progetti di ricerca clinico-scientifica basati sull’analisi metagenomica, promuovendo l’integrazione tra laboratori, reparti clinici e mondo accademico. Le principali attività previste includono:

• Espansione del trapianto di microbiota fecale (FMT) verso nuove indicazioni terapeutiche oltre C. difficile, con implementazione di protocolli clinici e collaborazione in studi multicentrici.
• Sequenziamento del microbiota intestinale in pazienti affetti da patologie croniche e oncologiche (es. linfomi), per la definizione di marcatori prognostici e predittivi.
• Sviluppo di colturomica, in collaborazione con il Dipartimento DISIT-UPO, per la caratterizzazione funzionale di microrganismi isolati da campioni biologici
• Utilizzo delle tecnologie NGS (Next Generation Sequencing) grazie all’arrivo di un nuovo sequenziatore di ultima generazione e alla possibilità di preparazione di library interne.
• Gestione strutturata dei campioni attraverso la sinergia con il Centro raccolta Materiale Biologico e il sistema informativo condiviso per la tracciabilità.
• Formazione e divulgazione scientifica, anche in collaborazione con l’Università del Piemonte Orientale.

Referente: Dr. Andrea Rocchetti – SC Microbiologia e virologia